Sekretaris Badan Pelaksana mempunyai tugas membantu Kepala Badan Pelaksana di bidang kesekretariatan. Dalam melaksanakan tugas, Sekretaris Badan Pelaksana mempunyai fungsi:

1. Perumusan visi, misi dan rencana aksi hingga tahun 2009;
2. Penyusunan anggaran kegiatan operasional seluruh Kantor Badan Pelaksana sesuai dengan ketentuan yang berlaku;
3. Penyusunan dan pengajuan rekomendasi atas struktur, kebijakan, dan standar pelayanan organisasi yang efektif;
4. Pelaksanaan layanan organisasi seluruh kantor Badan Pelaksana secara profesional, tepat waktu, efektif dan efisien;
5. Perencanaan dan pelaksanaan pembangunan gedung dan pengadaan fasilitas kantor Badan Pelaksana dan perwakilannya;
6. Penyusunan dan pengajuan rekomendasi tentang strategi dan kebijakan dalam membangun hubungan dengan seluruh pemangku kepentingan (stakeholders) di wilayah Provinsi Nanggroe Aceh Darussalam dan Kepulauan Nias Provinsi Sumatera Utara;
7. Pengembangan dan pembinaan hubungan dengan para pemangku kepentingan (stakeholders) di wilayah Provinsi Nanggroe Aceh Darussalam dan Kepulauan Nias Provinsi Sumatera Utara dengan melakukan kunjungan resmi, penyampaian informasi, menjawab pertanyaan, mendorong percepatan proses pada mitra kerja, dan melakukan terobosan pada kebuntuan proses rehabilitasi dan rekonstruksi, serta pendampingan dan/atau mewakili kunjungan Kepala Badan Pelaksana dalam berbagai forum.